精神康复科是燕郊辅仁医院特色科室。患者除了规范的药物治疗外，还要进行心理治疗和社会功能康复，其目标不单单是临床治愈，消除症状，还要提高患者的独立生活能力，促进患者适应社会，提高生活质量。燕郊辅仁医院康复科设置有室内康复区及户外康复区。

室内康复区有8个特色治疗室，包括阅览室、棋牌室、书法绘画室、作业治疗室（如乐高、超轻粘土、钻石画、折纸等）、音操室、台球室、乒乓球室、康复健身器材室。针对不同患者具体情况采用音乐疗法、音操疗法、体育疗法、书法绘画疗法、精神障碍作业疗法提升患者社会适应能力、体能、认知功能。

室外康复区面积达2300平米，主要有3块运动场地（足球场、篮球场、羽毛球场）、1块整套的康复健身器材区域、1个农疗小院。农作疗法为燕郊辅仁医院精神疾病患者提供了一种注意力转移的手段，有助于减缓精神功能的下降，并消除因长期机构化护理而导致的负面情绪。参与这些农业活动，患者们能够亲近自然，实现心灵的放松，不仅提升了患者的体力劳动能力，还增强了他们适应社会的能力、人际交流技巧以及团队协作精神，这对于他们的恢复过程具有独特的价值。